El informe final de la comisión bicameral que investigó el hundimiento del submarino ARA San Juan determinó que la causa fue el ingreso de agua en la nave, lo que provocó un cortocircuito en las baterías. Las conclusiones apuntan a que «la avería fue subestimada por toda la cadena de mando».

Las conclusiones del informe sobre el hundimiento del submarino ARA San Juan:

El 14 de noviembre de 2017, a las 23:42 el submarino SAN JUAN reportó una avería producida por el ingreso de agua de mar al sistema de ventilación, la cual originó un principio de incendio en el balcón de barras de baterías del tanque de baterías Nro. 3. En cumplimiento de los roles de emergencia salió a superficie, continuando su navegación con circuito dividido, esto es, sólo con sus baterías de popa y ventilando.

El 15 de noviembre a 07.19 Hs. se recibió la última comunicación del submarino. Informó que la situación había sido controlada, que estaba navegando en inmersión en plano de periscopio y tenía la intención de bajar hasta los 40 Mts. para poder ingresar al tanque de baterías N°3, evaluar los daños y reconectar.

El incendio en los tanques de baterías de los submarinos SON ACCIDENTES MUY GRAVES, son sumamente difíciles de extinguir y obligan en todos los casos que el submarino se mantenga en la superficie. ESTA AVERÍA FUE SUBESTIMADA POR TODA LA CADENA DE COMANDO.

La entrada de agua de mar al tanque de baterías por la tubería de ventilación solamente se puede producir a través de la válvula E-19. Esta válvula va SIEMPRE CERRADA EN NAVEGACIÓN. Esto significa que la válvula E-19 no estancó correctamente.

En la navegación de julio de 2017 se produjo una entrada de agua de mar hasta la envuelta del ventilador de proa, esto es, antes del ingreso al tanque de baterías Nro. 3.

No existen constancias escritas o verbales, referidas a la reparación de la estanqueidad de dicha válvula, por parte de personal de abordo o por parte del Arsenal de Mar del Plata. En las sucesivas navegaciones, no se reportó esa falta de estanqueidad.

Durante la misma navegación de julio de 2017, se efectuó una prueba de compensación de la atmósfera interna, que involucró la apertura de la válvula E-19 en inmersión. Los protocolos y procedimientos vigentes, indican que esa válvula debe mantenerse cerrada en toda condición de navegación.

La prueba para igualar la atmósfera no contaba con autorización previa del COMANDO DE LA FUERZA DE SUBMARINOS, no fue evaluada ni objetada por éste, a pesar de que vulneraba una norma prescrita para la navegación en inmersión. Tampoco fue redactada una INSTRUCCIÓN TECNICA para su control posterior.

El submarino contaba con dos sistemas de detección de hidrógeno. Tanto el original como el instalado en la Reparación de Media Vida estaban en servicio, aunque las escalas de los equipos de medición eran diferentes y no estaban compatibilizadas. El submarino San Juan informó en su navegación de julio de 2017, valores de concentración de Hidrógeno, muy superiores a los admitidos por los protocolos de seguridad conforme al equipo original, por lo que se estima fueron tomadas en base al nuevo equipo. No existen constancias que el personal submarinista estuviera instruido en el empleo del último equipo instalado.