Cuatro meses antes de la tragedia, el comandante del submarino ARA San Juan registró fallas durante la navegación que realizó entre el 1º y el 19 de julio para el control del mar. Zarpó de la Base Naval Mar del Plata con un solo periscopio en servicio y a partir del segundo día de navegación se detectó » un ruido permanente en línea de eje » que acompañó a la nave a lo largo de toda la travesía.
Hubo, además, fallas en el sistema de propulsión, y durante una maniobra de snorkel ingresó agua de mar al ventilador de batería en el sector de proa, un problema similar al que se habría registrado en los instantes previos a la tragedia, según consta en la última comunicación que el submarino mantuvo el 15 de noviembre pasado con la base naval antes de perder todo contacto.

Todas las anomalías advertidas en la navegación de patrulla del mes de julio, que incluyen una disminución en los niveles de aceite, fallas en el acoplador Nº 1 de HF y problemas de comunicación, entre otras, fueron advertidas por el comandante del ARA San Juan, capitán de fragata Pedro Martín Fernández, a la Fuerza de Submarinos, a cargo del capitán de navío Claudio Javier Villamide, quien ratificó posteriormente que las fallas fueron subsanadas en una revisión realizada en el Arsenal Naval Mar del Plata.
Incluso, en su descargo a la suspensión que le aplicó el entonces jefe de la Armada almirante Marcelo Srur, el capitán Villamide incluyó el dictamen firmado por el comandante del submarino, quien el 5 de septiembre declaró que el buque estaba habilitado y en condiciones de navegar, al presentar el Índice de Calificación de Estado de Material (ICEM).